Der Stiftungsrat ist das Aufsicht führende Organ des Instituts für Sonnenphysik.

Dem Stiftungsrat gehören eine Vertretung des Ministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg (Vorsitz), eine Vertretung des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (stellvertretender Vorsitz), die Rektorin oder der Rektor der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, eine von den Beschäftigten des KIS aus ihrem Kreis gewählte Person, sowie der oder die Vorsitzende des Wissenschaftlichen Beirats (beratend) an.

Der Stiftungsrat tritt in der Regel einmal im Jahr zusammen.

Aufgaben des Stiftungsrats sind die Überwachung der Rechtmäßigkeit, Zweckmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit der Geschäftsführung des Instituts. Er stellt die Jahresrechnung fest und entlastet den Vorstand. Er beschließt über alle Angelegenheiten von grundsätzlicher Bedeutung, insbesondere über mittel- und langfristige forschungspolitische Ziele, die finanzielle Ausstattung, sowie die Besetzung der Stiftungsorgane. 

Mitglieder des Stiftungsrats:

• Ministerialdirigent Clemens Benz (Vorsitz)
  Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg
• Jochen Leyendecker (Stellvertretender Vorsitzender)
  Bundesministerium für Bildung und Forschung Referat 711
• Rektorin Prof. Dr. Kerstin Krieglstein
  Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
• Markus Knobloch (Mitarbeitervertretung des KIS)
  Institut für Sonnenphysik
• Prof. Dr. Andreas Quirrenbach (Vorsitzender des Wissenschaftlichen Beirats)
  Landessternwarte Heidelberg